在《塞尔达传说：智慧的再现》中，格鲁德圣域二楼的宝箱获取攻略如下：

1、玩家需要先到达格鲁德圣域，从机关洞窟出来后往右走，可以进入到格鲁德圣域，打开入口后走到圣域深处，房间中有林克的背影，走到尽头的楼梯进入迷宫。

2、在格鲁德圣域二楼，玩家会发现一个宝箱，但无法直接获取，玩家需要退出房间，到外面的金字塔平台。

3、在金字塔平台上，玩家会发现一块单独的土地，使用鼹鼠土地上挖洞，然后玩家就可以通过洞进入二楼宝箱所在的位置。

4、仔细观察会发现宝箱顶上漏土下来，此时玩家就可以获取这个宝箱了。

攻略仅供参考，实际操作可能因游戏版本、玩家操作习惯等因素而有所不同，在玩游戏时，建议玩家根据自己的实际情况进行调整和操作，也建议玩家在游戏中多探索、多尝试，以获得更好的游戏体验。